J聯賽的賽制在其成立初期經歷了多次變革，從循環賽制到主客雙循環的演變，塑造了今天這個備受矚目的職業足球聯賽。

1993年至2004年，J1聯賽每個賽季都分兩個循環進行，總冠軍由兩個循環的冠軍進行主客兩回合比賽來決出。不過，在這個時期，聯賽的排名方式也發生了多次變化。

• 1993–1994年，J聯賽采用按勝率排名，即勝場數與總比賽場次的比率。
• 1995–1997年，勝利在90分鐘和120分鐘內都得3分，點球勝利得2分，點球失敗得1分。
• 1998–1999年，90分鐘內獲勝得3分，120分鐘內獲勝得2分，點球勝利得1分，失利得0分。
• 2000–2002年，取消了點球決勝，90分鐘內獲勝得3分，120分鐘內獲勝得2分，120分鐘不分勝負則雙方各得1分。
• 2003年開始，取消了加時賽，采用了普通的3分制，勝一場得3分，平一場得1分，負一場得0分。

從2005年球季開始，J聯賽的賽制發生了重大改變，采用了主客雙循環的賽制，每支球隊與其他球隊對賽兩次，主場客場各一次。J1每支球隊共進行34場比賽，而J2則要進行48場比賽。勝利仍然得3分，平局得1分，失敗得0分，並根據積分排名確定球隊的排名。